소설은 한림학사 유연수의 처 사씨의 바른 품행과 그녀를 시기하는 악한 첩 교씨가 그녀를 음해하기 위해 꾸미는 악행들, 그리고 소설 끝에 누명을 썼던 사씨가 귀양지에서 돌아오고 악행이 들통난 교씨는 처형당하는 권선징악 구조의 내용을 다루고 있다. 이 내용은 재미를 위해 만들어진 구성이라기보다는 당시 인현왕후를 내쫓고 희빈 장씨를 총애했던 숙종의 잘못을 지적하려는 목적을 가진 것으로 보이며, 궁녀가 이 소설을 숙종에게 읽어 준 뒤 숙종이 인현왕후를 복위하게 했다는 일화가 이를 뒷받침한다. 본래 한글로 지어진 사씨남정기를 김춘택은 한문으로 번역했으며 이를 궁궐에 들어갈 기회가 생기자 궁녀들에게 공짜로 나눠주었다.
김만중은 두씨 부인이 조카며느리가 첩을 들이려는 것을 알고 반대하는 설정과 첩 교씨가 온갖 악행을 벌인다는 설정으로 일부다처제를 기반으로한 가부장권의 문제를 지적하고 있다.